1、蘑菇覆土时间一般是掌握在菌丝长满培养料的1/3左右，也就是翻开培养料，菌丝已经长成半径约有5～6厘米范围，相邻的两个播种穴间只剩下4～5厘米的距离（株行距4x4寸的），这时覆土最适宜。一般是在10月中、下旬播种，菌丝生长至该覆土的程度，一般要14-18天。如果播种的穴距小（3×3市寸），则大约13--15天。如播种季节推迟，覆土的时间也要相应推迟。覆土之前，如果培养料表层很干燥，应该提前4-5天用1%的石灰清液喷湿，并覆盖报纸。
2、一般采用二次覆土，先覆盖粗土，再覆盖细土。覆土时先将大的土粒均匀地覆盖在料面上，然后用木板轻轻拍平。调适大土粒中的含水量后，再均匀地将小土粒撒盖在上，将其盖没。蘑菇的覆盖泥土，多取用水稻田土，塘泥、河泥等，沿海地区也有取用耕作十几年以上的海滩地耕作层的泥土。应选择腐殖质含量较丰富、肥力中等，ph值在6.5-7.5之间的粘壤土和壤土。
3、覆土总厚度一般为4厘米左右，其中粗土2.5～3厘米，细土1.5～1厘米，覆盖土层厚度要均匀。生产中可利用覆盖土层的厚薄，来调节子实体个头的大小，提高蘑菇品质。此外，覆土总厚度还要根据菇房湿度而有别，若菇房湿度较大、培养料偏湿，覆土可稍薄些；反之，覆土宜厚些。
4、粗土粒在覆盖前最好先用石灰水调至半湿，可中和土粒酸性和灭菌杀虫，并且便于以后调湿操作，缩短调湿时间。预湿后，要放置15分钟左右，待土粒表面的水分已干、不粘手时，再覆盖料面。粘性较差、砂质多的土粒，每次喷水量要少，以防土粒溶化散开；粘性较大，质地较硬的土粒，喷水不能过急，以防将水淋进培养料。喷水时，喷嘴不要放得太低，直冲土粒，以免土粒溶化而造成板结。粗土粒上床后，应争取在2天内调足水分（含7量达36-37%），含水量适宜的土粒，用手一捏，会扁不会碎，也不粘手。